漆黑的魅影剧情分为一周目、二周目和三周目三个阶段，核心是主角在芳缘地区的冒险，阻止水舰队和火岩队的阴谋，最终挑战联盟并探索梦世界。一周目主线是收集徽章和阻止超古代宝可梦苏醒，二周目解锁神兽捕捉和冠军挑战，三周目则进入梦世界面对更高难度剧情。游戏一开始，咱们会发现自己躺在卡车里来到未白镇，这是经典的宝可梦开场。妈妈提醒咱们去找小田卷博士，这时候就能选择初始宝可梦了。之后会遇到宿敌小遥，她可是重要对手。
拿到图鉴和精灵球后，咱们要穿过橙华森林去第一个道馆。路上会遇到水舰队搞事情，这可是贯穿整个游戏的线索。随着旅程推进，咱们要解决火岩队想唤醒古拉顿、水舰队想召唤海皇牙的危机，中间还得去送神火山、天空之柱这些关键地点。打完联盟进入二周目后，剧情就更有意思啦！爸爸会给船票让咱们去新地区，还能接到米可利的电话让咱们找冠军们的秘密基地。这时候电视上会让咱们选水都的颜色，建议选不喜欢的那个哦。
二周目重点是抓神兽，比如去海底洞窟找海皇牙、沙漠遗迹找古拉顿，还有裂空座、三圣柱这些大家伙。流星瀑布能遇到小赤和小绿对战，他们队伍可强了。最后挑战完N，咱们就能辞去冠军职位进入三周目。三周目主要是梦世界冒险，从梦之实验室进去就能看到小智和火箭队的高等级队伍。这时候咱们已经很强了，但对手也全是100级的狠角色。梦源镇最南边的房子能休息，还能遇到克雷赛利亚、维库提尼这些稀有宝可梦。
